Promovido por Industria del Gobierno Vasco, su autoría intelectual cabe atribuirla al Donostia International Physics Center (DIPC), presidido por Pedro Miguel Etxenike. La inversión ronda los 40 millones de euros y la sede, en un centro de nueva construcción de 6.000 metros cuadrados.
Dicha obra ha sido ganada, en concurso público, por el arquitecto donostiarra Javier San José, afincado en Barcelona. Las obras deberán comenzar este mismo año, de forma que pueda inaugurarse antes del año 2010.
El proyecto elegido por el Gobierno Vasco es un inmueble de 6.000 metros cuadrados que consta de cinco volúmenes cúbicos con recubrimiento de aluminio dorado que se yerguen sobre un zócalo de basalto, y pretende ser «un espacio de transición» entre la naturaleza, representada por el bosquecillo y estanque posteriores, en las proximidades de Tecnun, y la ciudad, delimitada por la Avenida de Tolosa.
Los cubos de mayor altura tienen 27 metros, el equivalente a nueve pisos, altura muy inferior a la de las torres situada al otro lado de la avenida, que tienen hasta catorce pisos. No obstante, aún cabe la posibilidad de que se suprima del proyecto uno de los dos volúmenes de mayor envergadura
Nanogune se dedicará a la investigación básica de nanoestructuras, es decir a una escala tan pequeña que al que carece de conocimientos en materia científica resulta difícil incluso imaginar.
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